Naniten erreichen in der Regel nur selten die Größenordnung von Nanometern, sondern sind meistens erheblich größer. Die kleinsten Naniten, die technisch möglich sind und noch eine Funktion erfüllen, sind die Nanodetonatoren mit einer Größe von mindestens 500 Nanometern oder einem halbem Mikrometer. Als Höchstgrenze gelten 1.000 µm (Mikrometer) beziehungsweise ein Millimeter. Roboter, die größer als 1 mm sind, werden nicht mehr als Naniten oder Nanoroboter bezeichnet, sondern als Mikroroboter. Solche Roboter besitzen in der Regel ähnliche Komponenten wie Naniten, können aber meistens erheblich einfacher produziert werden.

Wie bereits in anderen Kapiteln erwähnt, beeinflussen insbesondere die Antriebsart und die Fähigkeit zur freien Programmierung die Größe eines Roboters. In bestimmten Anwendungsgebieten dürfen Naniten eine bestimmte Größe nicht überschreiten. So gilt für Nanoroboter, sie innerhalb des menschlichen Körpers innerhalb der Blutbahnen eingesetzt werden, eine maximale Größe von 5 µm, da sie sonst in den Blutkapillaren hängen bleiben und diese verstopfen könnten.

In der Spionage kommen Nanoroboter in allen Größen vor. Als untere Schranke für die Größe gelten jedoch in etwa 15-25 µm, da solche Roboter in der Regel über leistungsfähige Antriebssysteme und komplexe Programme verfügen müssen.

In der Waffentechnik werden beim Einsatz gegen technisches Gerät häufig verhältnismäßig große Naniten eingesetzt, ebenso wie im Lifestylebereich bei der Erzeugung von Farben. Die meisten Roboter in diesen Bereichen sind zwischen 100 µm und 400 µm groß.