Da mit Naniten leicht schwere Schäden verursacht werden können, muss mit größtmöglichem Aufwand verhindert werden, dass eine solche Technologie in unvorsichtige oder gar kriminelle Hände gerät. Daher unterliegen sämtliche Betriebe, in denen Nanoroboter produziert werden oder frei programmierbare Naniten zum Einsatz kommen, einer besonders strengen Kontrolle. So muss eine lückenlose und detaillierte Protokollierung darüber stattfinden, wann welche Nanoroboter mit welcher Programmierung erschaffen wurden, welche Materialien dabei verbraucht wurden, ob der produzierte Ausschuss ordnungsgemäß entsorgt wurde und dergleichen. Inspektoren, die der Behörde für Innere Sicherheit (ISA) unterstehen, führen in den Unternehmen häufige und unangekündigte Inspektionen durch, um die Korrektheit der Protokolle und die Funktionstüchtigkeit der Sicherheitseinrichtungen zu überprüfen. Kann ein Unternehmen die strengen Auflagen nicht erfüllen oder es kommt zu schwereren Verstößen gegen die Sicherheitsvorschriften, bekommt es sofort die Lizenz entzogen und der Betrieb wird eingestellt.

Ähnlich strenge Kontrollen existieren beim Verkauf von frei programmierbaren Nanorobotern. Da diese bei entsprechenden Manipulationswerkzeugen ebenfalls hochgefährlich werden können, darf dieser Nanitentyp nur nach ausdrücklicher behördlicher Genehmigung weiterverkauft werden. In der Regel muss dabei der Käufer die gleichen Sicherheitsauflagen erfüllen wie ein Produzent von Nanorobotern.

Unternehmen können die strengen Sicherheitsauflagen erheblich lockern, indem sie bei anderen Nanitenproduzenten fest programmierte Produktionsnaniten kaufen, die sich nur zur Produktion eines einzelnen Nanorobotertyps eignen. Dieser muss dann im Vorfeld von der Behörde zur Regulation von Nanotechnologie, einer Unterbehörde der ISA, als unbedenklich eingestuft wurde. Sehr viele Unternehmen im Lifestylebereich nutzen dieses vereinfachte Verfahren.

Produkte mit Nanorobotern, die von der Kontrollbehörde als unbedenklich eingestuft werden, erhalten ein entsprechendes Gütesiegel. Bei anderen Sicherheitseinstufungen müssen zusammen mit einem anderen Gütesiegel entsprechende Warnhinweise auf dem Produkt platziert werden. Der Verkauf von nanitendurchsetzten Produkten ohne Gütesiegel ist selbstverständlich verboten.