Die Behörde für Innere Sicherheit (ISA, Inner Security Agency) besitzt als Hauptaufgabe den Schutz der Union vor inneren Feinden und Angriffen von innen, wobei sie auch vor dem Abhören von Privatpersonen und intensiver Spionage von verschiedenen Organisationen nicht Halt macht. Wird die Behörde fündig, kann sie mit Absprache der Unionsregierung - in akuten Notsituationen auch ohne Absprache - unter Zuhilfenahme ihres weit gestreuten Agentennetzes entsprechende Gegenmaßnahmen einleiten. Beispiele für ihr Eingreifen konnte man in den letzten Jahren besonders bei den Konflikten mit den Westkolonien und die Verwahrung des Funkspruches von Spezies X erfahren. Neben diesen eher unpopulären Tätigkeiten überwacht sie aber auch das Geschäftsgebaren der Großkonzerne und überprüft das Militär auf Verfassungsmäßigkeit von dessen Handlungen. Die Observierung radikaler politischer Splittergruppen, deren erklärtes Ziel es ist, die Union oder zumindest Teile von ihr ins Chaos zu stürzen, ist ebenfalls eine der Standardaufgaben der Behörde. Inzwischen wird auch das Verhalten der Arnesh in der Union von der ISA argwöhnisch beachtet und bewertet, vor allem seit der Beteilung einzelner Arnesh am Separationsaufstand von 2303. Insgesamt wird diese Behörde zwar wenig geliebt, jedoch als Schutzmaßnahme vor den Machenschaften der Konzerne und vor den Aktionen von politisch radikal eingestellten Gruppierungen verstanden und entsprechend toleriert.