Nanoroboter sind in ihrer Funktionsdauer meistens auf wenige Stunden beschränkt. Dies liegt einerseits an der begrenzten Energieversorgung der Roboter, andererseits auch daran, dass sich im Betrieb wichtige Komponenten wie Manipulationswerkzeuge oder Antriebssysteme abnutzen und diese mit der Zeit ausfallen.

Je simpler die Werkzeuge sind, mit denen Naniten ausgestattet sind, und desto weniger sie von ihnen Gebrauch machen, desto länger bleiben sie intakt. So kommt es, dass Nanoroboter in der Farben- und Lifestyleindustrie durchaus mehrere Wochen oder Jahre halten können, bevor sie defekt werden. Kritisch ist hier eher die Energieversorgung, die über solche Zeiträume meistens nicht zur Verfügung steht. Aus diesem Grund müssen solch langlebige Naniten vor einer Wiederverwendung zunächst irgendwie extern aufgeladen werden oder aber regenerative Energiequellen nutzen.

Im Produktionsbereich hingegen reduziert sich die garantierte Funktionstüchtigkeit trotz gegebener Energieversorgung auf etwa 20 Stunden; im Durchschnitt beträgt die Funktionstüchtigkeit in etwa 30 Stunden. Dies liegt daran, dass bei diesen Systemen die Manipulationswerkzeuge und Antriebe im ständigen Gebrauch sind und daher stark abnutzen und unbrauchbar werden. Um den Produktionsprozess in Gang zu halten, müssen spezialisierte Reparaturnaniten eingesetzt werden, die fortlaufend andere Naniten reparieren. Hierdurch lassen sich Naniten immerhin zwei bis drei Monate lang in der Produktion nutzen, bevor sie endgültig unbrauchbar werden.

Wichtig für die Funktionsdauer von Naniten sind natürlich auch die äußeren Einflüsse, die auf einen Nanoroboter einwirken. Viele Roboter sind relativ empfindlich und verlieren in einer ungünstigen Umgebung schnell ihre Manipulationsmöglichkeiten. Aus diesem Grund werden gerade bei Produktionsprozessen immer gleichbleibende Umgebungsbedingungen erzeugt, damit die Nanoroboter so wenig Schaden wie möglich nehmen. Auch beim Transport oder der Lagerung von Naniten werden besondere Schutzmaßnahmen ergriffen. Unter optimalen Bedingungen können Naniten mehrere Jahre im deaktivierten Zustand verbringen, bevor sie sich nicht mehr aktivieren lassen.