In der Waffentechnik werden Naniten in der Regel dazu eingesetzt, um zuerst zielgerichtet den empfindlichsten Punkt eines Gegners anzusteuern, um dort mit aller ihnen zur Verfügung stehenden Macht zuzuschlagen. Diese ist zwar meistens nicht allzu groß, führt aber in vielen Fällen zu einer Kettenreaktion, die zuletzt zur gewünschten Zerstörung führt.

Ein besonders beliebtes Ziel stellen hierbei immer noch Organismen und Lebewesen dar, da sich diese immer noch mit relativ geringem Aufwand töten oder ausschalten lassen, sofern man an den Schwachpunkten zuschlagen kann. Neben der Möglichkeit, mit Hilfe von Nanorobotern das Immunsystem eines Organismus zu steuern und dieses gegen ihn selbst einzusetzen, stellen als geläufigste Variante dieser Form der Kriegsführung die so genannten Nanodetonatoren dar. Hierbei handelt es sich um Naniten, die zunächst mit einem anderen Nanitentyp in einen Organismus transportiert werden. Erfüllt der Organismus bestimmte Eigenschaften, wie beispielsweise eine positive DNA-Analyse, entlässt der Trägernanit die Nanodetonatoren in die Blutbahn des Organismus oder ein vergleichbares System.

Die Nanodetonatoren, die größtenteils aus einer Sprengkapsel und einigen Haken zum Festhalten an organischer Struktur bestehen, sammeln sich nun im Gehirn des Opfers an. Nach Ablauf einer bestimmten Zeit seit Beginn der "Infizierung" explodieren die Nanoroboter und fügen dem Gehirn des Organismus erheblichen Schaden zu. Die Folge sind spontane Epilepsieanfälle, Koma und schließlich der Tod des Organismus.

Insbesondere die Raumflotte verwendet diese ansonsten geächtete Massenvernichtungswaffe im Kampf gegen Tsrit-Kolonien. Manchmal wird diese Methode auch von diversen Spezialkommandos genutzt, um unauffällig und gezielt bestimmte Personen auszuschalten. Sehr selten nutzt auch das organisierte Verbrechen diese Methode. Wie die entsprechenden Kreise allerdings in den Besitz einer solchen Waffe kommen, ist unklar und gibt zu denken. Die Produktion von Nanodetonatoren ist zivilen Einrichtungen selbstverständlich strengstens verboten, aber leider ist dieser Nanitentyp relativ leicht zu produzieren.

Auch empfindliche technische Einrichtungen können durch vergleichbare Nanoroboter geschädigt und unbrauchbar gemacht werden. So existieren beispielsweise Naniten, die auf die Zerstörung von Computerprozessoren oder Kommunikationsverbindungen spezialisiert sind und somit häufig wichtige Kontrollfunktionen eines Systems ausschalten. Ein weiterer Typ ist in der Lage, die Lebenserhaltungssysteme von Raumschiffen in der Form zu manipulieren, dass diese aus verbrauchter Atemluft das sehr giftige Gas Kohlenmonoxid produzieren. Dabei werden meistens auch noch entsprechende Sensor- und Alarmsysteme getäuscht oder ausgeschaltet, um ein Ausbreiten des Gases zu verschleiern. Bis dies an Bord eines Schiffes bemerkt wird, kann es bereits zu schweren Verlusten unter der Besatzung gekommen sein. Das Grundprinzip dieser Nanoroboter ist dabei immer das gleiche: sie sind darauf spezialisiert, eine bestimmte Schwachstelle im gegnerischen System anzusteuern und anschließend auszunutzen.

Militärschiffe sind häufig mit Verteidigungssystemen ausgerüstet, die solche schädlichen Naniten erkennen und bekämpfen. Bei modernen Einrichtungen basieren diese Systeme wiederum zum Teil auf Nanoroboter, die alle Nanoroboter, die nicht über eine gewisse Freund-Feind-Erkennung verfügen, vernichten. Natürlich rüstet auch die andere Seite entsprechend auf und ist ihrerseits bemüht, die Verteidigungseinrichtungen lahm zu legen. Aus diesem Grund läuft ein Angriff mit Naniten fast immer in zwei Wellen: zunächst wird versucht, die Verteidigungseinrichtungen gegen Naniten lahm zu legen, anschließend beginnt erst der eigentliche Angriff.